Markus Arndt begann seine wissenschaftliche Karriere am Max-Planck-Institut für Quantenoptik in Garching und kam dann über Stationen an der Ecole Normale Supérieure in Paris und der Universität Innsbruck an die Universität Wien, wo er sich 2002 habilitierte und seit 2004 Professor für Quantennanophysik ist. 2008 erhielt Arndt den Wittgenstein-Preis und ist seit demselben Jahr Mitglied der "Jungen Kurie" der Österreichischen Akademie der Wissenschaften. Im Jahr 2012 erhielt er einen ERC Advanced Grant, 2021 wurde er von der ÖAW mit dem Erwin Schrödinger-Preis ausgezeichnet.